Некоторые особенности работы с большими семейными деревьями данных:

• Сложность управления и структурирования информации. 1 Для очень крупных семейных деревьев с большим количеством родственников может быть сложно организовать данные. 1
• Проблемы производительности. 3 Если база данных, например XML или GEDCOM, относительно велика, то могут возникнуть сложности с производительностью. 3 Кроме того, в случае аварийного завершения программы информация может быть повреждена. 3
• Утрата данных. 3 Во время импорта в программу или экспорта из неё часть информации может быть утрачена. 3
• Осложнения при построении дерева. 4 Два основных фактора, которые осложняют построение семейного дерева, — бездетные родственники в предшествующих поколениях и ситуации неполнородных братьев и сестёр. 4

Для работы с большими семейными деревьями данных могут использоваться специальные программы и сервисы, которые предлагают различные настройки построения деревьев, фильтры для ограничения экспортируемой информации и другие функции. 13