Различие между написанием «цы» и «ци» в русском языке связано с лексическим и грамматическим значением слов. 12
Сочетание «ци» в корне слова характеризует его как заимствованное, а сочетание «цы» — как исконно русское. 12
Некоторые примеры:
Также появлению буквосочетания «цы» способствовала твёрдость звука «ц» и отсутствие для буквосочетания «ци» морфологических ассоциаций с глагольными окончаниями. 1