В активном центре фермента располагаются аминокислотные радикалы различной природы, потому что это необходимо для обеспечения эффективного взаимодействия фермента с молекулой субстрата и участия в реакции катализа. 13

В формировании активного центра участвуют аминокислоты с самыми «контрастными» физико-химическими свойствами — как заряженные, так и незаряженные, как полярные, так и неполярные, как отрицательно заряженные, так и положительно заряженные, как доноры электронов или протонов, так и их акцепторы и т. д.. 2

Геометрия расположения функциональных групп активного центра соответствует природе субстрата, определяя эффективность его связывания и превращение в ходе химической ферментативной реакции. 34

Аминокислотные остатки полипептидной цепи, не входящие непосредственно в состав активного центра фермента, обеспечивают правильную пространственную ориентацию аминокислот активного центра и влияют на реакционную способность его групп, тем самым способствуют катализу, фиксируя группировки каталитической зоны в активном состоянии. 1