Слова «сапог» и «чулок» склоняются по-разному в родительном падеже множественного числа, потому что у них разные окончания. 12
У слова «сапог» в родительном падеже множественного числа нулевое окончание: «пара сапог». 13 У слова «чулок» — короткое окончание: «пара чулок». 1
Это объясняется тем, что слова, обозначающие парные предметы, в родительном падеже множественного числа, как правило, имеют нулевое окончание. 35
Ранее у этих слов было одинаковое окончание в форме родительного падежа множественного числа: «сапогов», «чулков». 2 Впоследствии «сапоги» и «чулки» довольно быстро избавились от окончания «-ов», и формы «пара сапог», «пара чулок» стали основными. 2