Некоторые философы сомневаются в полезности концепции уровней организации в биологии, потому что она, по их мнению, исключает сложное обсуждение философских и научных проблем, навязывая чрезмерно упрощённое представление о науке и природе. 1

Некоторые аргументы скептиков:

• Нет однозначного определения релевантного уровня. 1 То, что считается таковым, меняется в зависимости от того, какие структуры или процессы находятся в центре внимания учёных. 1
• Отсутствие строгой иерархии. 2 Выделенные уровни не всегда могут быть строго иерархическими. 2
• Невозможность однозначного разграничения уровней. 3 Количество выделяемых уровней и критерии их разграничения во многом зависят от предпочтений того или иного учёного. 3

Некоторые философы высказывают более радикальные мнения: например, Бертон С. Гуттман утверждал, что концепция уровней является бесполезной и даже вводящей в заблуждение, а Мириам Талос заявляла, что понятие уровней не даёт никаких полезных философских идей. 1