Чилим плавающий (водяной орех, рогульник плавающий) считается исчезающим видом из-за активной хозяйственной деятельности человека. 45

Некоторые факторы, которые приводят к сокращению численности растения:

• Строительство плотин, водохранилищ, гидросооружений и дорожных объектов в пойменных угодьях. 4 Это приводит к заилению родников, понижению уровня грунтовых вод, общему иссушению поймы, засорению водоёмов промышленными, бытовыми и прочими отходами, а также пестицидами и удобрениями. 4
• Снижение численности крупных копытных, которые являются основными распространителями плодов чилима. 3
• Колебания климата, изменение содержания питательных веществ в воде, осушение водно-болотных угодий. 5

Чилим был включён в Красную книгу РСФСР, но в 2008 году исключён из Красной книги России. 2 При этом растение остаётся в Красных книгах Московской области, Краснодарского края и других регионов. 2 Также чилим охраняется в Белоруссии, Литве, Латвии, Польше, Украине и других странах. 2