Отличие ДНК-содержащих вирусов от РНК-содержащих заключается в типе вирусного генома:

• ДНК-содержащие вирусы имеют вирусный геном, представленный двухцепочечными молекулами ДНК. 2 Большинство таких вирусов использует клеточный фермент, и поэтому транскрипция и репликация у них происходит внутри ядра клетки. 2
• РНК-содержащие вирусы имеют вирусный геном, представленный одноцепочечными молекулами РНК. 2 Репликация таких вирусов обычно происходит в цитоплазме. 4

Как правило, РНК-содержащие вирусы имеют меньший геном, чем ДНК-содержащие — размер их генома ограничен из-за большей вероятности ошибок во время репликации. 4 ДНК-содержащие вирусы обычно имеют более крупные геномы благодаря большей точности их репликативных ферментов. 4

Некоторые вирусы, например мимивирусы, имеют оба типа молекул — и ДНК, и РНК. 6