Лизосомы играют роль в поддержании кислой среды в клетках, обеспечивая оптимальные условия для работы лизосомных гидролаз. 45

pH в лизосомах обычно составляет 4,5–5, что на два порядка ниже, чем в цитоплазме. 4 Это достигается активным транспортом протонов, который осуществляет встроенный в мембраны лизосом белок-насос протонная АТФаза. 45

Лизосомальная мембрана защищает цитозоль и, следовательно, остальную клетку от разрушающих ферментов внутри лизосомы. 1 Кроме того, клетка защищена от утечки лизосомальных кислых гидролаз в цитозоль, поскольку эти ферменты чувствительны к рН и плохо функционируют или вообще не функционируют в щелочной среде цитозоля. 1