Роль нуклеаз в расщеплении нуклеиновых кислот в живых организмах заключается в следующем:

• Переваривание нуклеиновых кислот пищи. 5 Эндонуклеазы животных, например РНК-аза I и ДНК-аза I из поджелудочной железы, обеспечивают расщепление нуклеиновых кислот при пищеварении и усвоении их компонентов клеткой. 2
• Удаление чужеродных нуклеиновых кислот. 45 Внутриклеточные нуклеазы могут являться частью ферментных систем, защищающих клетку от инфекции чужеродными ДНК, например ДНК вирусов. 2
• Репарация ДНК. 4 Нуклеазы участвуют в «починке» ДНК, вычленяя повреждённые участки молекулы из полинуклеотидной цепи. 4
• Регуляция синтеза и распада нуклеиновых кислот в клетках. 45