Некоторые методы сравнительного анализа числовых последовательностей:

• Выравнивание. 2 Суть метода в том, чтобы «подогнать» одну последовательность под другую. 2 Для этого с второй последовательностью разрешается делать определённые преобразования: вставлять пробел, удалять символ, заменять один символ на другой. 2 Каждой такой операции приписывается определённый штраф (значение весовой функции). 2 Среди всех возможных укладок (выравниваний) наилучшей считается та, которая обеспечивает минимум суммы штрафных функций. 2
• Сравнение по частотным словарям. 2 Метод основан на сравнении частотных словарей последовательностей. 2 Для этого для каждой последовательности составляют серию частотных словарей возрастающей толщины, затем для каждого набора из словарей одинаковой толщины строят специальный промежуточный словарь — гибридный. 2 После этого определяют меру близости от каждого из словарей в сравниваемой группе до гибридного словаря данной группы. 2
• Методы k-мер. 3 Работают путём проецирования каждой из входных последовательностей в пространство признаков с количеством k-мер, где информация о последовательности преобразуется в числовые значения (например, частоты k-мер). 3 Эти значения используют для вычисления расстояний между всеми возможными парами последовательностей в данном наборе данных. 3