В пользу теории происхождения хлоропластов путём эндосимбиоза от предшествующих цианобактерий говорят следующие аргументы:

• Сходство на ультраструктурном и биохимическом уровне. 2 Например, присутствие тилакоидов и специфических хлорофиллов очень напоминает таковые образования в цианобактерий. 2

• Наличие собственной двуцепочечной кольцевой ДНК. 1 Как у прокариот. 1

• Относительная автономность хлоропластов. 1 Они способны самостоятельно перемещаться в пределах клетки, размножаться бинарным делением, часто независимо от деления клетки. 1

• Передача хлоропластов только от исходной материнской клетки. 2 Если эукариотные клетки лишить хлоропластов, то они не появляются вновь, эти органоиды передаются только путём деления предшествующих. 2

• Выигрыш от эндосимбиоза для обоих партнёров. 3 Проглоченная цианобактерия могла улавливать из цитоплазмы клетки-хозяина часть углекислоты, продуцируемой митохондриями, а митохондрии получали выделяемый при фотосинтезе кислород. 3