Для изучения клеточного ядра используются различные методы микроскопии, например:

• Световая микроскопия. 14 Позволяет рассмотреть самые крупные компоненты клеток, в том числе ядро, пластиды, вакуоли, митохондрии, клеточные стенки. 1 Для увеличения контрастности клеточные структуры окрашивают специальными красителями в разные цвета. 1
• Электронная микроскопия. 1 Вместо света в электронном микроскопе используется поток электронов, что даёт возможность изучать ультратонкое строение клеточных структур, например рибосомы диаметром около 20–30 нм. 1 С помощью просвечивающего электронного микроскопа можно исследовать только мёртвые клетки. 1 Сканирующий электронный микроскоп позволяет получать трёхмерные изображения. 1
• Конфокальная микроскопия. 4 Метод позволяет изучать структуры клеток и их органоидов благодаря высокому разрешению и контрасту, например цитоскелет, ядро, хромосомы, или даже локализацию в них отдельных генов. 4
• Микроскопия сверхвысокого разрешения (МСВР). 2 В этом подходе дифракционный предел преодолевается с использованием различных технологий, включающих как технические решения в конструкции микроскопа, так и реконструкцию изображения с помощью вычислительного аппарата. 2