Некоторые классы протеаз и их представители:

• Сериновые протеазы. 14 К этому классу относятся трипсин, химотрипсин и эластаза. 14
• Цистеиновые протеазы. 14 В этот класс входят папаин, кальпаин и лизосомальные катепсины. 14
• Аспарагиновые протеазы. 14 К ним относятся пепсин и ренин. 14
• Металлопротеазы. 14 В этот класс входят термолизин и карбоксипептидаза А. 14
• Треониновые протеазы. 1

Различия классов протеаз заключаются в их свойствах и участии в определённых биологических процессах. 1

Кроме того, протеазы могут классифицироваться по другим критериям, например:

• По типу катализируемой реакции. 5 В зависимости от расположения сайта расщепления пептидной связи выделяют пептидазы (экзопептидазы), которые отщепляют по одной-две аминокислоты, ближайших к К- или С-концу субстрата, и протеиназы (эндопептидазы), которые гидролизуют внутримолекулярные пептидные связи, отдалённые от концов субстрата. 5
• По оптимуму рН работы фермента. 2 Выделяют кислые, щелочные или нейтральные протеиназы. 2
• По субстратной специфичности. 2 Например, коллагеназы, кератиназы, эластаза и другие. 2
• По гомологии с хорошо изученными белками. 2 Выделяют трипсино-подобные и пепсино-подобные протеазы. 2