Появление интронов в геноме дало следующие эволюционные преимущества:

• Обеспечение белкового разнообразия. 2 Интроны обеспечивают альтернативный сплайсинг, что позволяет одному гену кодировать несколько транскриптов и выполнять несколько клеточных функций. 3
• Буферная функция. 2 Интроны забирают на себя часть мутаций при воздействии мутагенных факторов, уменьшая вероятность мутации кодирующего белок экзона. 2
• Контроль качества мРНК. 2 На наличие интронов и системы сплайсинга завязана система нонсенс-опосредованного распада мРНК, предотвращающая экспрессию генов, имеющих преждевременный стоп-кодон. 2
• Облегчение рекомбинационного обмена. 5 Объединение отдельных экзонов в новые последовательности в разных сочетаниях могло ускорить появление новых генов. 5