Гипотеза позднего появления интронов в ходе эволюции утверждает, что интроны возникли в генах относительно недавно, уже после разделения линий, ведущих к про- и эукариотам. 24

Эта модель основывается на наблюдении, что сплайсосомные интроны есть только у эукариот. 13

Согласно гипотезе, интроны способствовали более быстрой эволюции генов, обеспечивая благоприятные условия для рекомбинации экзонов. 2