Интроны отсутствуют в геномах прокариот, потому что их гены цельные и не расчленены на кодирующие участки (экзоны) и некодирующие интроны. 4 Поэтому у прокариотов отсутствует сплайсинг — процесс вырезания некодирующих интронов в молекуле информационной РНК. 4

Согласно одной из гипотез, отсутствие интронов у прокариот — результат упорядочения генома. 1 Основным давлением в эволюции прокариот было максимизация скорости репликации, следовательно, устранение всех несущественных частей геномов. 1 Интроны не выжили бы при таком эволюционном режиме в обширных популяциях прокариот, затронутых интенсивным очищающим отбором. 1

Исключением являются гены, кодирующие рибосомальные и транспортные РНК (р-РНК и т-РНК), у которых имеется зачаточный сплайсинг и вырезаются отдельные петли. 4