Какие алгоритмы существуют для поиска длинных подпоследовательностей в больших массивах данных?

Некоторые алгоритмы для поиска длинных подпоследовательностей в больших массивах данных:

• Метод динамического программирования Вагнера и Фишера. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru Идея алгоритма — последовательно оценивать расстояния между всё более длинными префиксами строк до получения окончательного результата. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru Метод прост в реализации, но требует квадратичных затрат времени и памяти. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru
• Версия Хиршберга. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru В этом методе итеративно вычисляются длины последовательно увеличивающихся префиксов строк, а не расстояния между ними. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru Экономия памяти происходит за счёт того, что в каждый заданный момент времени в памяти хранятся только две строки массива. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru
• Алгоритм Ханта-Шиманского. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru Во многих приложениях этот алгоритм имеет высокую эффективность, но в худшем случае его временная сложность становится больше квадратичной. ituneacc.narod2.ru box.cs.istu.ru
• Алгоритм Машека и Патерсона. box.cs.istu.ru Этот метод использует метод «четырёх русских» и в худшем случае требует субквадратичного времени. box.cs.istu.ru Алгоритм требует, чтобы алфавит был конечным, а ценовые веса — целыми множителями фиксированного действительного числа. box.cs.istu.ru
• Алгоритм поиска наибольшей увеличивающейся подпоследовательности. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru Задача этого алгоритма — найти наиболее длинную возрастающую подпоследовательность в данной последовательности элементов. ru.ruwiki.ru Возможно свести задачу к поиску длиннейшего пути в ориентированном ациклическом графе, задавая рёбра между возрастающими элементами. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru