Структурная организация ферментов включает несколько областей, выполняющих различные функции: 1

1. Активный центр. 1 Комбинация аминокислотных остатков, обеспечивающая непосредственное связывание с молекулой субстрата и осуществляющая катализ. 1 В активном центре выделяют два участка: якорный (контактный, связывающий) — отвечает за связывание и ориентацию субстрата в активном центре, каталитический — непосредственно отвечает за осуществление реакции. 1
2. Аллостерический центр. 1 Центр регуляции активности фермента, который пространственно отделён от активного центра и имеется не у всех ферментов. 1 Связывание с аллостерическим центром какой-либо молекулы, называемой активатором или ингибитором, вызывает изменение конфигурации белка-фермента и, как следствие, скорости ферментативной реакции. 1
3. Субстратный центр. 2 Участок молекулы фермента, который связывает субстрат, подлежащий ферментативному превращению. 2 Субстратный центр называют «якорной площадкой» фермента, где субстрат как бы «становится на якорь». 2

Также ферменты могут быть мономерами, то есть состоять из одной субъединицы, и полимерами, состоящими из нескольких субъединиц. 1