Кроссинговер влияет на комбинативную изменчивость организмов следующим образом: он создаёт новые группы сцепления, то есть служит важным источником генетической рекомбинации аллелей. 2 Рекомбинантные хромосомы, оказавшись в зиготе, способствуют появлению признаков, нетипичных для каждого из родителей. 2

Генотипические последствия кроссинговера заключаются в том, что гены сохраняются, но возникают всё новые их комбинации, и генотип каждого организма оказывается уникальным. 3

Фенотипические последствия заключаются в том, что многообразие фенотипов служит материалом для естественного отбора. 3 При этом жизнеспособность особей не снижается, а приспособленность к меняющимся условиям среды — повышается. 4