Как компьютерное моделирование помогает в изучении пространственной структуры белков?

Компьютерное моделирование помогает в изучении пространственной структуры белков несколькими способами:

• Предсказание структуры по аминокислотной последовательности. www.nsc.ru elibrary.sgu.ru Для каждого остатка известна тенденция быть в составе того или иного типа вторичной структуры. www.cs.vsu.ru Оперируя этими данными, современные алгоритмы предсказывают содержание α-спиралей, β-слоёв и неупорядоченных участков. www.cs.vsu.ru
• Моделирование на основании гомологии. www.cs.vsu.ru cyberleninka.ru Подбор и анализ близких по аминокислотной последовательности белков, для которых пространственная структура уже экспериментально установлена, позволяет с высокой степенью достоверности предсказать третичную структуру белка. www.cs.vsu.ru
• Изучение процесса самосборки. www.nsc.ru Структура белка задаётся набором конформационных параметров, а процесс самосборки представляется как движение точки в многомерном пространстве этих параметров по поверхности свободной энергии. www.nsc.ru
• Анализ активных сайтов. www.nsc.ru Компьютерный анализ активных сайтов белков позволяет предсказывать их функцию. www.nsc.ru

Исследование трёхмерных моделей белков с помощью методов молекулярного моделирования, таких как молекулярная динамика и докинг лигандов, позволяет эффективнее анализировать экспериментальные данные, осуществлять компьютерный дизайн точечных мутаций белков, а также выдвигать различные гипотезы о структуре и функции белка. cyberleninka.ru