Изменение третичной структуры фермента может повлиять на его активность следующим образом: любые воздействия, приводящие к изменению третичной структуры фермента, сопровождаются нарушением конформации активного центра и, следовательно, потерей ферментативной активности. 2

Однако есть и другой вариант влияния: присоединение к аллостерическому центру фермента определённого вещества изменяет его третичную структуру, в результате чего субстратный и каталитический центры приобретают наиболее выгодную для осуществления катализа конфигурацию. 1 В этом случае активность фермента может как увеличиться, так и снизиться. 1

Также изменение структуры воды (нагревание или замораживание) дестабилизирует третичную структуру белка и приводит к денатурации — утрате третичной конформации и ферментативных свойств. 3