Горизонтальный перенос генов влияет на филогенетические исследования прокариот следующим образом:

• Придаёт филогенетическому древу вид сильно переплетённой сети. 1 На ранних этапах эволюции интенсивный горизонтальный обмен генами играл существенную роль, придавая филогенетическому дереву вид сильно переплетённой сети. 1
• Усложняет прослеживание филогении организма, если использовать отдельные гены в качестве филогенетических маркеров. 2 Отсутствие гена у предков организма часто наводит исследователей на мысль, что он получен путём горизонтального переноса. 5
• Требует масштабного филогенетического анализа каждого из генов у большого числа родственных видов и отдалённых таксонов с целью исключения результатов вертикального наследования, дупликаций и утрат. 4