Некоторые преимущества горизонтального перемещения генов в бактериях:

• Увеличение адаптивного потенциала клетки. 23 Горизонтальный перенос генов позволяет приобретать новые гены, их модули или генные блоки, что помогает бактериям осваивать новые экологические ниши. 23
• Ускорение процесса видообразования. 23 Это может происходить благодаря включению гена, не имеющего аналога в геноме бактерии и придающего ей радикально новые свойства, или приобретению гена, ответственного за проявление нового признака. 23
• Стирание границ между группами микроорганизмов. 4 Горизонтальный перенос генов возможен даже между отдалёнными систематическими группами. 4
• Распространение устойчивости к антибиотикам. 5 Гены, ответственные за устойчивость к антибиотикам у одного вида бактерий, могут быть переданы другому виду, что делает реципиента устойчивым к антибиотикам. 5
• Распространение факторов вирулентности. 5 Горизонтальный перенос генов играет роль в распространении среди бактерий таких факторов, как экзотоксины и экзоферменты. 5