Биогенетический закон Геккеля-Мюллера влияет на эволюцию хордовых животных следующим образом: в процессе индивидуального развития (онтогенеза) особь повторяет формы своих предков и от зачатия до становления проходит стадии исторического развития организмов (филогенеза). 4

Эта закономерность указывает на родство организмов и их происхождение от одного ствола, который в ходе эволюции распался на множество ветвей. 1 Например, у всех позвоночных обнаруживается закладка жаберных дуг, сходство в форме тела, наличие хвоста, зачатков конечностей. 1

Однако в ходе онтогенеза воспроизводятся не все этапы эволюции, которые совершались на протяжении тысяч и миллионов лет. 1 Повторение стадий исторического развития вида в зародыше происходит в сжатой форме, с выпадением ряда этапов. 1

Кроме того, эволюционное развитие не может базироваться на простом повторении особенностей строения предшествующих организмов. 2 В ходе эмбриогенеза отдельных особей возникают изменения в ходе формирования структур, органов, систем. 2 Будучи полезными, они закрепляются естественным отбором и воспроизводятся в последующих поколениях. 2