Критика биогенетического закона Геккеля-Мюллера заключалась в выявлении несовершенств и отклонений от предполагаемых закономерностей. 2 Некоторые аспекты критики:

• Ошибки в иллюстрациях. 1 Геккель использовал рисунки, представляющие эмбриональное развитие различных видов, в поддержку своего закона. 1 Однако его обвиняли в манипуляции данными и существенных искажениях в рисунках, делая эмбриональные стадии более схожими, чем они были на самом деле. 1
• Избирательный выбор иллюстраций. 1 Геккель выбирал примеры, которые наилучшим образом соответствовали его идеям, пренебрегая теми, которые не так хорошо подходили под его теорию. 1
• Избыточное упрощение. 1 Геккель представлял филогенетическое развитие через эмбриональное развитие слишком упрощённо, не учитывая сложности и разнообразие эволюционных процессов. 1
• Несоответствие фактам. 1 Современные исследования эмбриологии и эволюционной биологии выявили множество случаев, когда эмбриональное развитие не повторяет филогенетическое прошлое. 1
• Отсутствие общей теоретической основы. 1 Многие биологи и исследователи пришли к выводу, что отношения между эмбриональным и филогенетическим развитием более сложны и не могут быть сведены к простому правилу «онтогенез повторяет филогенез». 1

В результате этих критик закон Геккеля-Мюллера стал рассматриваться с большой осторожностью, и его ценность в научных терминах была серьёзно подорвана. 1