Микробиота и микрофлора — взаимозаменяемые термины, которые обозначают совокупность микроорганизмов, населяющих определённую среду или организм. 1

Микрофлора обычно используется для описания микроорганизмов, обитающих в определённой среде человеческого организма (кишечник, кожа, ротовая полость и т. д.). 1 Обычно подразумеваются полезные микроорганизмы, живущие в симбиозе с организмом. 3

Микробиота — более широкий термин, который включает в себя все микроорганизмы, населяющие определённую экологическую нишу или отдельный организм, независимо от того, человеческий он или нет. 1 К микробиоте относятся не только бактерии, но и дрожжи, вирусы, археи и другие виды микроорганизмов. 4

Таким образом, микробиота охватывает более широкий спектр микроорганизмов, а микрофлора фокусируется на конкретных средах организма.