Чем отличаются алгоритмы BLAST от традиционных методов сравнения последовательностей ДНК?

Алгоритмы BLAST отличаются от традиционных методов сравнения последовательностей ДНК тем, что BLAST ориентирован на локальное выравнивание, то есть на поиск подобия только в пределах некоторой части последовательности. 24

В отличие от глобального выравнивания, которое предполагает, что последовательности гомологичны по всей длине, BLAST позволяет сравнивать иРНК с геномной ДНК, так как в различных белках есть сходные домены и паттерны. 4

Кроме того, BLAST использует матрицу замен, которая определяет показатели сходства для любой возможной пары нуклеотидов или аминокислот. 4 В традиционных методах, например в FASTA, ищут точно совпадающие «слова» (строки остатков), а BLAST позволяет находить слова, которые могут не совпадать точно, но всё же имеют высокие показатели сходства. 1