Пёстрый толстолобик отличается от других видов толстолобиков следующими особенностями:

• Внешний вид: у пёстрого толстолобика крупнее голова и более высокое тело. 1 Окраска спины коричневато-серая, бока серебристые с крупными коричневатыми пятнами. 1 У белого толстолобика спина серовато-зелёная и серебристые бока без пятен. 1

• Жаберные тычинки: у пёстрого толстолобика они длинные и частые, в то время как у белого толстолобика тычинки срастаются между собой и образуют своеобразную сеть. 1

• Питание: пёстрый толстолобик предпочитает зоопланктон и по этому компоненту естественной пищи составляет конкуренцию карпу. 1 Он потребляет также и рассыпные искусственные корма. 1

• Рост: пёстрый толстолобик растёт быстрее белого толстолобика. 2 В возрасте двух лет за летний сезон он достигает массы 2–2,5 кг. 1