Агрогеосистемы отличаются от природных геосистем тем, что искажают естественный биогеохимический цикл круговорота веществ. 1 В естественных геосистемах утилизируется не более десяти процентов вещества и энергии растительной биомассы микроорганизмами и животными, оставшаяся часть растительной массы участвует в процессе естественного восстановления биопродуктивности почвы. 1 В искусственных агрогеосистемах извлечение более значительной доли вещества и энергии биомассы вызывает нарушение биогеохимического цикла круговорота веществ. 1 В результате происходит истощение гумусных горизонтов и разрушение структуры пахотных слоёв. 1

Кроме того, целевая функция агрогеосистем однозначна — получение заранее определённого объёма сельскохозяйственной продукции, в то время как в природных комплексах она выражена неявно (повышение продуктивности, достижение устойчивости и т. д.). 2