Да, заявление на возврат излишне уплаченного налога по декларации 3-НДФЛ может быть удовлетворено частично. 1

После завершения камеральной налоговой проверки в течение трёх рабочих дней осуществляется возврат, только если соответствующее заявление подано в составе налоговой декларации. 2 При этом имеющаяся у налогоплательщика задолженность, в том числе по другим налогам, уменьшает сумму возврата. 2 То есть, если положительное сальдо единого налогового счёта будет меньше суммы вычета, заявленного к возврату, то налоговый орган осуществит возврат частично (в пределах положительного сальдо). 2

Также можно направить новое заявление на возврат излишне уплаченного налога в той сумме, которую подтвердила налоговая служба. 1 В случае, если выплата пойдёт по первичному заявлению, на повторное ответят отказом. 1 Если же первое не будет принято в работу по причине несоответствия сумм, то повторное заявление послужит основанием для выплаты. 1

Для получения более подробной консультации по данному вопросу рекомендуется обратиться к юристу.