Если стандартные вычеты были рассчитаны дважды, для исправления ситуации можно попробовать следующее:

• Перераспределить вычеты по месяцам их предоставления. 4 Для этого нужно сформировать отчёт «Подробный анализ НДФЛ по сотруднику». 4
• Удержать задолженность из очередной выплаты в пользу работника. 1 Например, из заработной платы за следующий месяц. 1 При этом общая сумма удержания не должна превышать 50% от суммы выплаты (п. 4 ст. 226 НК РФ). 1
• Уплатить пени за несвоевременное перечисление НДФЛ. 1 Пени рассчитываются с момента, когда работодатель должен был удержать и уплатить НДФЛ в бюджет до фактического срока исполнения обязанности (ст. 75 НК РФ). 1

Также в программах 1С для исправления ошибки можно попробовать поставить галочку «Выплачивать зарплату в последний день месяца» в регистре сведений «Настройки зарплата и кадры» и указать даты. 5 Тогда расчёт не будет «переходить» на следующий месяц, и программа не будет применять вычеты за следующий месяц. 5

Для получения более подробной консультации по конкретной ситуации рекомендуется обратиться к специалисту.