Основные отличия муниципального автономного учреждения от бюджетного:

1. Цели создания. 1 Автономное учреждение создаётся для выполнения работ и оказания услуг в целях осуществления органами государственной власти и местного самоуправления своих полномочий в определённых сферах (науки, образования, здравоохранения, культуры и других). 14 Бюджетное учреждение, в свою очередь, создаётся для выполнения работ и оказания услуг в целях обеспечения реализации полномочий органов государственной власти или местного самоуправления в тех же сферах. 25
2. Органы управления. 7 В отличие от бюджетного учреждения, в автономном должен создаваться наблюдательный совет, которому предоставлено право совершать крупные сделки. 7
3. Заключение коммерческих договоров. 7 На автономные учреждения не распространяются требования Федерального закона о госзакупках, то есть процедура заключения договоров существенно упрощена, а ограничения практически отсутствуют. 7
4. Привлечение заёмных средств. 7 Для бюджетных учреждений могут устанавливаться ограничения по привлечению займов и кредитов, в то время как в отношении автономных учреждений аналогичная норма не установлена. 7