Морской окунь может быстро портиться при хранении из-за активной ферментативной системы хищных рыб, к которым относится окунь. 2 В бытовых холодильниках охлаждённую рыбу желательно хранить не более суток, причём желательно потрошёной и очищенной от жабр. 2

Также на срок годности влияют условия хранения до продажи и место вылова. 1 Рыба, которую не кормили химическими добавками, обычно портится быстрее. 1

Чтобы продлить срок хранения морского окуня, рекомендуется заморозить его. 25 При температуре минус 18 градусов мороженая рыба может храниться до года. 2 При этом большое значение имеет способ заморозки: шоковая или сухая заморозка при температуре до –30 °C делает продукт менее подверженным порче. 5