Возможно, домашний плавленый сыр с крупинками получается из-за неправильного плавления творога, когда он не разошёлся до нужной консистенции. 1

Некоторые возможные причины:

• Недостаточное количество плавителей (соды и яиц). 1 Они помогают творогу разойтись в сырную массу. 1
• Использование некачественных ингредиентов. 3 Например, восстановленного из сухого молока или ультрапастеризованного творога длительного хранения. 3
• Использование только желтков без белков. 3 Белки придают массе твёрдость (завариваются). 3
• Передержка сыра на плите. 5 Масса может свернуться, и сыр станет крупенистым. 5

О том, почему магазинный плавленый сыр однородный, найти информацию не удалось.