Разница между протоками и рукавами рек заключается в их статусе и характере образования.
Протоки — это второстепенные рукава реки. kartaslov.ru ru.wikipedia.org Они являются частью другого водотока или соединяют другие водотоки или водоёмы, не имеют свойственных реке комплексов русловых образований. kartaslov.ru Протоки образуются при русловой многорукавности. kartaslov.ru ru.wikipedia.org
Рукав — это сформировавшееся отдельное русло реки со всеми особенностями морфологического строения, которое обычно вновь впадает в ту же реку ниже по течению. kartaslov.ru ru.wikipedia.org Рукава характерны для горных рек при выходе на равнины, для равнинных рек — в дельтах. bigenc.ru
Таким образом, протоки — это более мелкий вид разветвлений реки, в то время как рукава — это более крупные ответвления русла.