Разница между протоками и рукавами рек заключается в их статусе и характере образования.

Протоки — это второстепенные рукава реки. 12 Они являются частью другого водотока или соединяют другие водотоки или водоёмы, не имеют свойственных реке комплексов русловых образований. 1 Протоки образуются при русловой многорукавности. 12

Рукав — это сформировавшееся отдельное русло реки со всеми особенностями морфологического строения, которое обычно вновь впадает в ту же реку ниже по течению. 12 Рукава характерны для горных рек при выходе на равнины, для равнинных рек — в дельтах. 4

Таким образом, протоки — это более мелкий вид разветвлений реки, в то время как рукава — это более крупные ответвления русла.