Сибирский хариус считается редким и охраняемым видом по нескольким причинам:

• Сокращение численности. 14 Популяции хариуса в некоторых водоёмах, например в реках Кара и Кожим, продолжают сокращаться. 12
• Ограниченное распространение. 12 Вид имеет ограниченный ареал, в частности, в Республике Коми считается предполагаемым ледниковым реликтом с ограниченным распространением. 1
• Угрозы существованию. 1 К ним относятся рыболовный туризм, деятельность оленеводов, чрезмерный отлов. 1 Также на численность хариуса негативно влияют строительство дорог, которые открывают доступ к удалённым водоёмам, и загрязнение водоёмов и водотоков при разработке месторождений полезных ископаемых. 1

Сибирский хариус занесён в Красную книгу Ненецкого автономного округа и имеет статус 3 в Красной книге Республики Коми — редкие таксоны с естественно низкой численностью. 12