Селигер считается уникальным озером ледникового происхождения, потому что его образование связано с деятельностью ледника. 13

65 тысяч лет назад на территорию, где расположено современное озеро Селигер, пришёл огромный ледник. 1 Он то продвигался к югу, то отступал назад, тая и оставляя тонны песка и камней. 1 11 тысяч лет назад ледник окончательно растаял, успев навсегда изменить рельеф этой местности. 1

В образовавшихся впадинах со временем накопилась вода, и на их месте сегодня находится Селигер. 3 Этим объясняется его своеобразная форма — это не озеро в привычном понятии, а скорее цепочка озёр, протянувшихся с севера на юг на 100 км и связанных между собой короткими узкими протоками. 2