Ледниковое происхождение сказалось на формировании Онежского и Ладожского озёр следующим образом:

Онежское озеро: во время дегляциации онежской впадины на её дне возникло множество аккумулятивных форм в виде отложений донной или основной морены, а также гряд, маркирующих зоны распространения отдельных языков ледника. 1 Эти гряды, в сочетании с экзарационными депрессионными формами рельефа, создают пересечённый характер озёрного дна, характерный для крупных водоёмов ледниковой зоны. 1 Северный берег Онежского озера изрезан длинными и узкими заливами, ориентированными в направлении движения ледника — с северо-запада на юго-восток. 2

Ладожское озеро: в четвертичный период оно подвергалось действию оледенения, причём наиболее значительные изменения произошли в северной части, где ледником были выработаны многочисленные узкие заливы. 2 Ладожское озеро может рассматриваться как остаточный (реликтовый) водоём, поскольку в конце ледниковой эпохи, в период более высокого стояния уровня, на его месте располагались последовательно Иолдиевое, Анциловое и Литториновое моря. 2 Котловина озера чётко делится на две части: северную — более глубокую (до 225 м), с неровным дном, изрытым многочисленными желобами и ямами, и южную — с глубинами, не превосходящими 40 м, и ровным дном. 2