Некоторые особенности природы Селигера, которые отличают его от других крупных озёр России:

• Форма. 14 Селигер имеет сложную, фигурную форму: по берегам много глубоких заливов, мысов и полуостровов. 1 Это объясняется ледниковым происхождением озера. 14
• Система водоёмов. 15 Селигер — не одно озеро, а система озёр-плёсов, связанных протоками. 1 Между островами расположены обособленные водные пространства — плёсы, которым дают собственные названия. 1
• Острова. 34 По водным просторам Селигера разбросано порядка 160 островов разного размера. 3 Они, в свою очередь, имеют свои внутренние водоёмы, на которых также расположены островки. 3
• Флора и фауна. 12 В озёрных водах обитает более трёх десятков видов рыб. 3 В окрестностях и близлежащих лесах можно встретить таких представителей фауны, как лоси, кабаны, куницы, более 15 видов птиц. 2
• Берега. 1 Берега у заводей густо поросли камышом и рогозом, а воду в этих местах летом украшают белые кувшинки и жёлтые кубышки. 1 Для отмелей характерны осока и тростник. 1