Озеро Титикака практически бессточное, несмотря на большое количество рек, впадающих в него, из-за сильного испарения. 12

В озеро впадает более 25 рек, стекающих с ледников, окружающих Альтиплано, но лишь небольшая река Десагуадеро служит единственным стоком воды. 12 Она истощает примерно 10% воды и впадает затем в озеро Поопо. 2 Оставшиеся 90% воды теряется в процессе испарения под жарким солнцем и сильным сухим ветром Альтиплано. 2

Таким образом, несмотря на приток воды, большая её часть теряется из-за климатических факторов.

Уровень Титикака колеблется сезонно в течение года: во время сезона дождей (лето, с декабря по март) уровень озера поднимается, а понижается в сухие зимние месяцы. 2