Озеро Онего считается тектоническим по происхождению, потому что его котловина расположена на стыке крупных геологических структур — Балтийского щита в северной части озера и Русской платформы в южной. 2

Учёные утверждают, что ещё 300–400 млн лет назад на этой территории находилось шельфовое море, которое постепенно заполнялось чистейшими ледниковыми водами. 1