Вода на озере Селигер прозрачная, потому что оно имеет ледниковое происхождение. 45 В процессе отступления ледника около 20 000 лет назад ледниковые воды заполнили русло более древней реки и впадины, благодаря чему и возникла причудливая озёрная система с плёсами, заливами, протоками и островами. 5

Некоторые особенности воды Селигера:

• прозрачность достигает 5 метров; 4
• в 2017 году вода озера оказалась самой чистой в Тверской области среди контролируемых. 4

Местные пляжи известны своим золотистым песком и пологим заходом. 1 Сезон купания здесь длится с конца июня по конец августа, когда вода достигает комфортных +22 °C. 1