Разница между системами FAT32 и GPT для создания загрузочных флешек заключается в их особенностях и использовании:

• FAT32 подходит для создания загрузочных USB-накопителей из-за своей совместимости с различными операционными системами и USB-устройствами. 16 Однако максимальный размер файла, который можно хранить в этой файловой системе, составляет 4 ГБ. 5
• GPT актуальна для логических дисков размером более 2 ТБ. 2 Она поддерживает неограниченное число томов на физическом диске, хранит копию загрузочной записи и может восстановить её, проверяет целостность файлов. 2 Из-за того, что GPT исключает вторую стадию загрузчика, компьютер запустится немного быстрее, чем в случае с MBR. 2

Таким образом, выбор между этими системами зависит от конкретных требований к объёму и характеристикам загрузочного носителя.