Разница между командами docker system prune и docker container prune заключается в том, что они удаляют разные типы неиспользуемых объектов в Docker:

• docker system prune удаляет все неиспользуемые контейнеры, образы и сети. 13 По умолчанию не удаляются тома, для их очистки нужно указать флаг --volumes. 1
• docker container prune удаляет все остановленные контейнеры. 14