Различение системных и пользовательских файлов в операционной системе важно по следующим причинам:

• Системные файлы являются составляющими элементами самой системы, содержат в себе библиотеки, алгоритмы, команды, обеспечивающие работоспособность операционной системы. 1
• Пользовательские файлы — это виртуальное достояние пользователя, документы, фотографии, видео, музыка, программы, настройки — всё, что пользователь создал или загрузил. 5

Отделение пользовательских файлов от системных имеет преимущество: серьёзное повреждение системы или необходимость обновления не затронет наиболее ценную информацию — пользовательские файлы. 3

Кроме того, пользовательские файлы структурированы, организованы в папки и каталоги, и имеют определённые расширения, указывающие на их тип. 5 Эта структура позволяет операционной системе быстро находить и обрабатывать нужные файлы. 5