Несколько причин, по которым в Android может быть много скрытых системных файлов и папок:

• Некорректный подсчёт занимаемого места. 1 Android причисляет к системному разделу любой файл, который не попал под существующие категории пункта «Хранилище» в настройках. 1 К ним могут относиться изображения, видео, аудио, игры и документы. 1
• Накопление бесполезных данных. 2 В разделе root система Android накапливает системные кэш и старые версии приложений. 2
• Сбор данных за время использования. 4 Например, когда пользователь фотографирует что-то на камеру или сохраняет документы, всё это сохраняется в скрытых папках. 4
• Защита важных компонентов. 3 В системных папках хранятся файлы, без которых смартфон не сможет включиться или нормально функционировать. 3 Как правило, они защищены от удаления. 3

В последних версиях Android разработчики скрыли некоторые системные папки и файлы, поэтому увидеть их можно только с помощью root-прав. 3