ExFAT подходит для флешек и внешних дисков, но менее пригоден для внутренних жёстких дисков по нескольким причинам:

• Совместимость. 12 ExFAT менее совместим со старым оборудованием и программным обеспечением, чем NTFS, которая предпочтительна для внутренних жёстких дисков в компьютерах под управлением Windows. 1
• Скорость работы. 1 Для внутренних дисков NTFS работает быстрее, так как требует меньше системных ресурсов. 1 ExFAT же при использовании в качестве файловой системы для внешних устройств работает быстрее, но скорость чтения и записи может вести себя по-разному при подключении через USB и в зависимости от операционной системы. 1
• Безопасность данных. 4 В exFAT нет функции ведения журнала, что означает более высокую вероятность повреждения данных, например потери файла из-за внезапного отключения питания. 4 В NTFS есть такая функция, которая предотвращает повреждение файлов из-за проблем с питанием. 4
• Поддержка функций. 1 ExFAT не включает такие функции безопасности, как шифрование файлов или разрешения, в отличие от NTFS. 1

Однако это не всегда так, ведь некоторое программное обеспечение требует определённого формата для внешних устройств. 2 Выбор между файловыми системами зависит от того, какие задачи будут решаться с помощью внешнего USB-устройства. 2