Несколько возможных причин, по которым After Effects при экспорте в AVI с кодеком H264 смещает звук:

• Проблема с инициализацией. 1 Рендеринг повторно использует настройки или буфер вместо того, чтобы обновить их, что приводит к ошибкам. 1
• Случайное изменение битрейта звука. 1 После нажатия «ОК» битрейт звука часто сбрасывается до гораздо более низкого значения. 1 Это происходит как при ручном изменении настроек, так и при использовании сохранённого пресета. 1
• Использование кодека H264 вместо без потерь AVI. 2 При использовании последнего звук остаётся в синхронизации, а при выборе H264 — смещается примерно на 5 секунд по сравнению с исходным файлом. 2

Для решения проблемы можно попробовать использовать другой кодек для экспорта, например, без потерь AVI. 2

Также стоит проверить настройки звука в After Effects и используемую звуковую карту — встроенную или внешнюю. 3