Некоторые различия между свойствами -ms-transform и -webkit-transform:

• Поддержка браузеров. 2
• -ms-transform предназначен для браузеров Internet Explorer 9.0 и старше, в версиях младше 9.0 трансформация не поддерживается. 24
• -webkit-transform используется в браузерах Chrome, Safari, Android и iOS. 2

Кроме того, есть некоторые функции, которые поддерживаются только одним из свойств:

• -ms-transform поддерживает, например, такие функции трансформации: matrix, translate, scale, rotate, skew. 45
• -webkit-transform поддерживает skew. 1

Таким образом, свойства отличаются тем, для каких браузеров они предназначены и какие функции трансформации поддерживают.