Чем заменить CAPICOM в новых приложениях?

Для замены CAPICOM в новых приложениях можно использовать .NET или платформу .NET Framework для реализации функций безопасности. learn.microsoft.com

Некоторые альтернативы для работы с хранилищами сертификатов и цифровой подписью:

• Для работы с хранилищами сертификатов. learn.microsoft.com Вместо объекта Certificate можно использовать класс X509Certificate2 в пространстве имён System.Security.Cryptography.X509Certificates. learn.microsoft.com Для работы с хранилищем Store — класс X509Store в том же пространстве имён. learn.microsoft.com
• Для цифровой подписи. learn.microsoft.com Для подписания содержимого можно использовать службы вызова платформы (PInvoke), чтобы вызвать API Win32 SignerSignEx, SignerTimeStampEx и WinVerifyTrust. learn.microsoft.com

Также на сайте «Хабр Q&A» в качестве альтернативы CAPICOM предлагается использовать решение «КриптоПро ЭЦП Browser plug-in». qna.habr.com

Выбор замены зависит от конкретных требований и задач приложения.