Для замены CAPICOM в новых приложениях можно использовать .NET или платформу .NET Framework для реализации функций безопасности. 1

Некоторые альтернативы для работы с хранилищами сертификатов и цифровой подписью:

• Для работы с хранилищами сертификатов. 1 Вместо объекта Certificate можно использовать класс X509Certificate2 в пространстве имён System.Security.Cryptography.X509Certificates. 1 Для работы с хранилищем Store — класс X509Store в том же пространстве имён. 1
• Для цифровой подписи. 1 Для подписания содержимого можно использовать службы вызова платформы (PInvoke), чтобы вызвать API Win32 SignerSignEx, SignerTimeStampEx и WinVerifyTrust. 1

Также на сайте «Хабр Q&A» в качестве альтернативы CAPICOM предлагается использовать решение «КриптоПро ЭЦП Browser plug-in». 2

Выбор замены зависит от конкретных требований и задач приложения.